Prva verzija našeg novog alata za mapiranje RNA očitanja na referencu, objavljena je na bioRxiv-u sredinom godine.

Graphmap2 temelji se na našem alatu Graphmap. Koristi isti pristup za početno filtriranje kandidatnih pozicija, implementira varijantu algoritma za rješavanje problema ruksaka te uvodi nekoliko poboljšanja za mapiranje RNA očitanja. Graphmap2 demonstrira izvrsnu preciznost za detekciju eksona i njihovih granica.

Rad je potaknuo velik interes istraživačke javnosti te je od objavljivanja cijeli rad preuzet gotovo 600 puta.

Graphmap2 može se pogledati ovdje.

 

Raven je alat za sastavljanje genoma pomoću dugih očitanja, dobivenih uređajima za sekvenciranje tvrtki Pacific Biosciences i Oxford Nanopore Technologies.

Raven je poboljšanja verzija prijašnjeg alata Ra, a uključuje i modul za konsenzus Racon.

Javno je dostupan na GitHub repozitoriju Laboratorija: https://github.com/lbcb-sci/raven.

Naš novi rad "Evaluation of tools for long read RNA-seq splice-aware alignment" objavljen je u časopisu Oxford Journals Bioinformatics. Rad istražuje koliko su postojeći alati za mapiranje RNA očitanja sposobni raditi s očitanjima uređaja za sekvenciranje treće generacije (duga očitanja s većim postotkom pogreške). U sklopu istraživanja nekoliko alata za mapiranje testirano je na stvarnim i sintetskim skupovima podataka.

Rad možete pogledati na: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btx668/4562330).