Protein Docking Tool sustav izvršava proces prianjanja proteina. Ulazni podatci su  dvije  PDB  datoteke  (eng.  Protein  Data  Bank),  te  željene  postavke  procesa prianjanja. U  zadanim  PDB  datotekama  sadržane  su  strukture  proteina. PDT prvo proslijedi ulazne proteine kroz PDB parser, koji izlučuje koordinate atoma, te njihove radijuse. Pomoću  dobivenih  podataka  uzorkuje  se  površina  svakog  proteina,  te  se one  prilagođuju  prikazu  u  koordinatnoj  mreži  (eng.  grid).  Površine se  zatim podvrgavaju  transformaciji  pomoću  kuglinih  funkcija,  čime  se  bitno  ubrzava  i olakšava  postupak  rotiranja  i  translatiranja  3D  oblika  u  prostoru.  Završetkom  svih ovih  postupaka,  započinje  sam  postupak  prianjanja  proteina. Translatiranjem  i rotiranjem  proteina,  ispituje  se  komplementarnost  njihovih  površina  za  svaki  od kuteva  i  radijusa  (uz  određenu  zadanu  razlučivost  pomaka).  Ispitivane  se konformacije ocjenjuju, te na temelju tih ocjena rangiraju. Za svaki od radijusa uzima se konformacija sa najvećom ocjenom, te se od njih izgradi nova rang lista. Pomoću nove  rang  liste,  određujemo  koordinate  atoma  oba  ulazna  proteina,  te  se  takvi zapisuju novu PDB datoteku.  Izlazna datoteka sadrži sve konformacije sa najvećim ocjenama, kako bi se mogle pregledati u alatu za vizualizaciju. 

U  sklopu  sustava, ali  kao  zasebna  cjelina,  realiziran  je  i alat  za  vizualizaciju molekula. Njegova  je svrha uvid u strukturu molekula,  i  to prije, u procesu  te nakon procesa prianjanja proteina. 

 

Članovi razvojnog tima: Nino Antulov-Fantulin, Igor Čanadi, Matija Piškorec i Ivan Sović

Mentor:  dr.sc. Mile Šikić