Naš novi rad "Evaluation of tools for long read RNA-seq splice-aware alignment" objavljen je u časopisu Oxford Journals Bioinformatics. Rad istražuje koliko su postojeći alati za mapiranje RNA očitanja sposobni raditi s očitanjima uređaja za sekvenciranje treće generacije (duga očitanja s većim postotkom pogreške). U sklopu istraživanja nekoliko alata za mapiranje testirano je na stvarnim i sintetskim skupovima podataka.

Rad možete pogledati na: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btx668/4562330). 

EdLib je C/C++ biblioteka za brzo i točno određivanje pravnanja dvaju nizove koristeći algoritam edit distance. Jednostavan je za korištenje, fleksibilan te nije memorijski zahtjevan. Očekujemo da će ga se u budućnosti koristiti u raznim bioinformatičkim alatima. Rad je nedavno prihvaćen za objavljivanje u časopisu Oxford Journals Bioinformatics.

Rad se temelji na diplomskom radu Martina Šošića i možete ga pronaći OVDJE.

Image may contain: 1 person, smiling, closeup and outdoor

Tim znanstvenika iz FER-ovog Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju u suradnji Institutom Ruđer Bošković i s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS) razvili su novu metodu za sastavljanje genoma na temelju dugih očitanja s velikim postotkom pogreške, tipičnih za uređaje za sekvenciranje treće generacije. U usporedbi s postojećim metodama, razvijenom metodom moguće je postići ubrzanje i do nekoliko stotina puta sačuvajući točnost.

Na radu su sudjelovali članovi Laboratorija za bioinformatiku i računalnu biologiju izv. prof. Mile Šikić i Robert Vaser, mag. ing. sa FER-a, dr. sc. Ivan Sović sa Instituta Ruđer Bošković te dr. sc. Niranjan Nagarajan s A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS).

Rad je objavljen u prestižnom časopisu Genome Research s faktorom odjeka 11.351. Možete ga pronaći OVDJE.